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澳门新银河国际城:澳门新银河国际城教师团队在Nature子刊Scientific Data发表论文解析粗糠树基因组

发布日期:2024-06-06 发布单位:党委宣传部  新闻作者:耿喜宁 点击量:

近日,澳门新银河国际城澳门新银河国际城省生态经济型木本植物种质创新与利用重点实验室程世平副教授团队在Nature子刊Scientific Data(IF = 9.8,JCR Q1)发表了题为 “Haplotype-resolved chromosome level genome assembly ofEhretia macrophylla” 研究论文。

粗糠树Ehretia macrophyllaWall是紫草科(Boraginaceae)厚壳树属(Ehretia)的落叶乔木,主要分布于中国西南部、南部和东部,以及日本、越南和尼泊尔的部分地区。该树种具有极高的生态价值、园艺价值、观赏价值和药用价值。该论文以粗糠树为研究对象,利用HiFi,Illumina和Hi-C等测序技术,首次构建了厚壳树属第一个高质量染色体水平的单倍型基因组图谱。组装完成的粗糠树基因组总大小为3.40 Gb,包含两套完整的haplotypes:Haplotype a(1.82 Gb,Contig N50和Scaffold N50分别为28.11 Mb和93.35 Mb)和Haplotype b(1.58 Gb,Contig N50和Scaffold N50分别为21.57 Mb和83.31 Mb)。大约99.41%的基因组序列锚定到40条染色体。注释获得58,886个蛋白编码基因,同时获得2.65 Gb的重复序列,659,290个rRNA基因,4,931个tRNA基因 和4,688个其他ncRNA基因。该研究为深入开展粗糠树的系统进化解析、功能基因组学研究和种质资源发掘利用奠定了基础。

粗糠树形态特征和高质量的单倍型参考基因组相关论文截图

粗糠树两个单倍型组装基因组间的结构变异及特征分析相关论文截图

澳门新银河国际城为该论文第一单位,科研处副处长、程世平副教授为论文第一作者,并和杭州师范澳门新银河国际城冯尚国老师为论文的共同通讯作者。研究得到了澳门新银河国际城省科技兴林(YLK202216)、中原学者工作站(ZYGZZ2021048)等项目的资助。

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41597-024-03431-9

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